Po novi maši se je Glavar napotil v Komendo, kjer je s Testaferratovim pooblastilom odstavil nevestnega oskrbnika Jerneja Bitenca in 30. septembra 1744 postal komendski kaplan. Popravil je  najhujše napake in že naslednje leto prevzel v zakup malteško viteško posestvo. Leta 1751 je župnik Rogelj stopil v pokoj in Glavar je bil imenovan za komendskega župnika.

Vsako leto je Glavar Testaferratu dajal zakupnino, zaradi katere sta se včasih krepko sporekla: komendator je hotel več denarja, Glavar pa se je izgovarjal na dajatve za vojne namene, v resnici pa je mislil predvsem, kaj bo s tem denarjem naredil dobrega v Komendi. Komendator je po navadi popustil, saj je vedel, da boljšega oskrbnika ne bo dobil, pa tudi, kar mu je zagotovil že v pismu z dne 24. decembra 1744, »ker ga ljubi z vsem srcem«. Župljani so imeli Glavarja zelo radi, zelo so ga spoštovali zaradi velike izobraženosti, srčne dobrote in skrbnega gospodarjenja. Glavarjeva priljubljenost, sposobnosti in delo, ki si ga je zastavil in uspešno opravljal, so šli v nos bližnjim janzenistično usmerjenim duhovnikom. Ti so ga blatili naokrog, kar mu je povzročalo veliko notranjo bolečino. Ker je bil nezakonski otrok, je moral za opravljanje duhovniške službe dobiti poseben spregled. Spregled je po posredovanju p. Aurelija Čevke dobil 5. maja 1746 s posebno bulo s svinčenim pečatom od samega papeža Benedikta XIV.. V prošnji je Glavar navedel, da je duhovnikov sin, za kar pa so zahtevali tudi pisno pojasnilo. Baron Testaferrata je res odgovoril 8. julija 1745: »Za boga, ne delajte si življenja težjega, kot je. Če ste bili tako nesrečni, da ste nezakonsko rojeni od neke matere in neznanega očeta, pomislite, da niste prvi in ne boste zadnji na svetu. Mene pa več ne dolžite, kakor dela to gospod naddiakon, ki tako slabo misli o meni. Zakaj vedno bom to zanikal in četudi pred sodiščem.«

 

Baron Peter Jakob de Testaferrata je bil pravi redovni član Malteškega viteškega reda. Glavar si te časti kljub tako slavnemu očetu oziroma prav zaradi tega, ker je bil njegov sin, ni mogel pridobiti, mu je pa oče, ki je bil tedaj že na visokih cerkvenih položajih, naklonjenost do njega izkazoval drugače. Tako je  bil že pri 33 letih odlikovan z naslovom apostolskega protonotarja, poleg tega je dobil tudi red zlate ostroge.